Overview
In this tutorial we’ll learn how to read data from various SOMA
objects. We will assume familiarity with SOMA objects, so it is
recommended to go through the vignette("soma-objects")
first.
A core feature of SOMA is the ability to read subsets of data from disk into memory as slices. SOMA uses Apache Arrow as an intermediate in-memory storage. From here, the slices can be further converted into native R objects, like data frames and matrices.
Example data
Load the bundled SOMAExperiment containing a subsetted
version of the 10X genomics PBMC
dataset provided by SeuratObject. This will return a
SOMAExperiment object. This is a small dataset that easily
fits into memory, but we’ll focus on operations that can easily scale to
larger datasets as well.
experiment <- load_dataset("soma-exp-pbmc-small")SOMA DataFrame
We’ll start with the obs dataframe. Simply calling the
read()$concat() method will load all of the data in memory
as an Arrow
Table.
obs <- experiment$obs
obs$read()$concat()## Table
## 80 rows x 9 columns
## $soma_joinid <int64 not null>
## $orig.ident <dictionary<values=string, indices=int8>>
## $nCount_RNA <double>
## $nFeature_RNA <int32>
## $RNA_snn_res.0.8 <dictionary<values=string, indices=int8>>
## $letter.idents <dictionary<values=string, indices=int8>>
## $groups <large_string>
## $RNA_snn_res.1 <dictionary<values=string, indices=int8>>
## $obs_id <large_string>This is easily converted into a data.frame using Arrow’s
methods:
obs$read()$concat()$to_data_frame()## soma_joinid orig.ident nCount_RNA nFeature_RNA RNA_snn_res.0.8
## 1 0 SeuratProject 70 47 0
## 2 1 SeuratProject 85 52 0
## 3 2 SeuratProject 87 50 1
## 4 3 SeuratProject 127 56 0
## 5 4 SeuratProject 173 53 0
## 6 5 SeuratProject 70 48 0
## 7 6 SeuratProject 64 36 0
## 8 7 SeuratProject 72 45 0
## 9 8 SeuratProject 52 36 0
## 10 9 SeuratProject 100 41 0
## 11 10 SeuratProject 62 31 0
## 12 11 SeuratProject 191 61 0
## 13 12 SeuratProject 101 41 0
## 14 13 SeuratProject 51 26 0
## 15 14 SeuratProject 99 45 0
## 16 15 SeuratProject 168 44 0
## 17 16 SeuratProject 67 33 0
## 18 17 SeuratProject 135 45 0
## 19 18 SeuratProject 79 43 0
## 20 19 SeuratProject 109 41 0
## 21 20 SeuratProject 298 65 1
## 22 21 SeuratProject 406 74 1
## 23 22 SeuratProject 213 48 1
## 24 23 SeuratProject 231 49 1
## 25 24 SeuratProject 463 77 1
## 26 25 SeuratProject 87 42 1
## 27 26 SeuratProject 327 62 1
## 28 27 SeuratProject 224 50 1
## 29 28 SeuratProject 361 76 1
## 30 29 SeuratProject 353 80 1
## 31 30 SeuratProject 246 59 0
## 32 31 SeuratProject 115 51 0
## 33 32 SeuratProject 189 53 0
## 34 33 SeuratProject 187 61 0
## 35 34 SeuratProject 156 48 0
## 36 35 SeuratProject 164 47 0
## 37 36 SeuratProject 221 67 0
## 38 37 SeuratProject 151 59 0
## 39 38 SeuratProject 126 53 0
## 40 39 SeuratProject 316 65 0
## 41 40 SeuratProject 156 60 0
## 42 41 SeuratProject 139 61 0
## 43 42 SeuratProject 108 44 0
## 44 43 SeuratProject 41 32 0
## 45 44 SeuratProject 146 47 0
## 46 45 SeuratProject 104 40 0
## 47 46 SeuratProject 126 48 0
## 48 47 SeuratProject 94 55 0
## 49 48 SeuratProject 204 52 0
## 50 49 SeuratProject 99 45 0
## 51 50 SeuratProject 371 75 1
## 52 51 SeuratProject 387 83 1
## 53 52 SeuratProject 139 50 1
## 54 53 SeuratProject 99 42 1
## 55 54 SeuratProject 443 77 1
## 56 55 SeuratProject 417 75 0
## 57 56 SeuratProject 502 81 1
## 58 57 SeuratProject 324 76 1
## 59 58 SeuratProject 292 71 1
## 60 59 SeuratProject 443 81 0
## 61 60 SeuratProject 787 88 0
## 62 61 SeuratProject 612 69 1
## 63 62 SeuratProject 286 68 0
## 64 63 SeuratProject 462 86 1
## 65 64 SeuratProject 872 96 1
## 66 65 SeuratProject 709 94 1
## 67 66 SeuratProject 745 84 1
## 68 67 SeuratProject 328 72 1
## 69 68 SeuratProject 389 73 1
## 70 69 SeuratProject 754 83 0
## 71 70 SeuratProject 212 38 0
## 72 71 SeuratProject 172 29 0
## 73 72 SeuratProject 168 37 0
## 74 73 SeuratProject 210 33 0
## 75 74 SeuratProject 228 39 0
## 76 75 SeuratProject 527 47 0
## 77 76 SeuratProject 202 30 0
## 78 77 SeuratProject 157 29 0
## 79 78 SeuratProject 150 30 0
## 80 79 SeuratProject 233 76 1
## letter.idents groups RNA_snn_res.1 obs_id
## 1 A g2 0 ATGCCAGAACGACT
## 2 A g1 0 CATGGCCTGTGCAT
## 3 B g2 0 GAACCTGATGAACC
## 4 A g2 0 TGACTGGATTCTCA
## 5 A g2 0 AGTCAGACTGCACA
## 6 A g1 0 TCTGATACACGTGT
## 7 A g1 0 TGGTATCTAAACAG
## 8 A g1 0 GCAGCTCTGTTTCT
## 9 A g1 0 GATATAACACGCAT
## 10 A g1 0 AATGTTGACAGTCA
## 11 A g2 2 AGGTCATGAGTGTC
## 12 A g1 2 AGAGATGATCTCGC
## 13 A g2 2 GGGTAACTCTAGTG
## 14 A g2 2 CATGAGACACGGGA
## 15 A g2 2 TACGCCACTCCGAA
## 16 A g1 2 CTAAACCTGTGCAT
## 17 A g2 2 GTAAGCACTCATTC
## 18 A g1 2 TTGGTACTGAATCC
## 19 A g1 2 CATCATACGGAGCA
## 20 A g2 2 TACATCACGCTAAC
## 21 B g1 1 TTACCATGAATCGC
## 22 B g1 1 ATAGGAGAAACAGA
## 23 B g2 1 GCGCACGACTTTAC
## 24 B g2 1 ACTCGCACGAAAGT
## 25 B g1 1 ATTACCTGCCTTAT
## 26 B g2 1 CCCAACTGCAATCG
## 27 B g2 1 AAATTCGAATCACG
## 28 B g2 1 CCATCCGATTCGCC
## 29 B g2 1 TCCACTCTGAGCTT
## 30 B g1 1 CATCAGGATGCACA
## 31 A g1 0 CTAAACCTCTGACA
## 32 A g1 2 GATAGAGAAGGGTG
## 33 A g1 0 CTAACGGAACCGAT
## 34 A g2 0 AGATATACCCGTAA
## 35 A g1 0 TACTCTGAATCGAC
## 36 A g1 0 GCGCATCTTGCTCC
## 37 A g2 0 GTTGACGATATCGG
## 38 A g1 0 ACAGGTACTGGTGT
## 39 A g1 0 GGCATATGCTTATC
## 40 A g2 0 CATTACACCAACTG
## 41 A g1 0 TAGGGACTGAACTC
## 42 A g2 2 GCTCCATGAGAAGT
## 43 A g2 0 TACAATGATGCTAG
## 44 A g2 0 CTTCATGACCGAAT
## 45 A g1 2 CTGCCAACAGGAGC
## 46 A g2 2 TTGCATTGAGCTAC
## 47 A g1 0 AAGCAAGAGCTTAG
## 48 A g2 0 CGGCACGAACTCAG
## 49 A g1 0 GGTGGAGATTACTC
## 50 A g2 0 GGCCGATGTACTCT
## 51 B g1 1 CGTAGCCTGTATGC
## 52 B g2 1 TGAGCTGAATGCTG
## 53 B g2 2 CCTATAACGAGACG
## 54 B g2 1 ATAAGTTGGTACGT
## 55 B g1 1 AAGCGACTTTGACG
## 56 A g1 1 ACCAGTGAATACCG
## 57 B g1 1 ATTGCACTTGCTTT
## 58 B g1 1 CTAGGTGATGGTTG
## 59 B g2 1 GCACTAGACCTTTA
## 60 A g1 0 CATGCGCTAGTCAC
## 61 A g1 2 TTGAGGACTACGCA
## 62 B g1 1 ATACCACTCTAAGC
## 63 A g1 2 CATATAGACTAAGC
## 64 B g1 1 TTTAGCTGTACTCT
## 65 B g1 2 GACATTCTCCACCT
## 66 B g2 1 ACGTGATGCCATGA
## 67 B g2 1 ATTGTAGATTCCCG
## 68 B g1 1 GATAGAGATCACGA
## 69 B g1 1 AATGCGTGGACGGA
## 70 A g1 2 GCGTAAACACGGTT
## 71 A g2 0 ATTCAGCTCATTGG
## 72 A g1 0 GGCATATGGGGAGT
## 73 A g2 0 ATCATCTGACACCA
## 74 A g2 0 GTCATACTTCGCCT
## 75 A g1 0 TTACGTACGTTCAG
## 76 A g1 0 GAGTTGTGGTAGCT
## 77 A g2 0 GACGCTCTCTCTCG
## 78 A g1 0 AGTCTTACTTCGGA
## 79 A g2 0 GGAACACTTCAGAC
## 80 B g1 1 CTTGATTGATCTTCSlicing
Slices of data can be read by passing coordinates to the
read() method. Before we do that, let’s take a look at the
schema of obs:
obs$schema()## Schema
## soma_joinid: int64 not null
## orig.ident: dictionary<values=string, indices=int8>
## nCount_RNA: double
## nFeature_RNA: int32
## RNA_snn_res.0.8: dictionary<values=string, indices=int8>
## letter.idents: dictionary<values=string, indices=int8>
## groups: large_string
## RNA_snn_res.1: dictionary<values=string, indices=int8>
## obs_id: large_stringWith any SOMA object, you can only slice across an indexed column (a
“dimension” in TileDB parlance). You can use dimnames() to
retrieve the names of any SOMA object’s indexed dimensions:
obs$dimnames()## [1] "soma_joinid"In this case, there is a single dimension called
soma_joinid. From the schema above we can see this contains
integers.
Let’s look at a few ways to slice the dataframe.
Select a single row:
obs$read(coords = 0)$concat()## Table
## 1 rows x 9 columns
## $soma_joinid <int64 not null>
## $orig.ident <dictionary<values=string, indices=int8>>
## $nCount_RNA <double>
## $nFeature_RNA <int32>
## $RNA_snn_res.0.8 <dictionary<values=string, indices=int8>>
## $letter.idents <dictionary<values=string, indices=int8>>
## $groups <large_string>
## $RNA_snn_res.1 <dictionary<values=string, indices=int8>>
## $obs_id <large_string>Select multiple, non-contiguous rows:
obs$read(coords = c(0, 2))$concat()## Table
## 2 rows x 9 columns
## $soma_joinid <int64 not null>
## $orig.ident <dictionary<values=string, indices=int8>>
## $nCount_RNA <double>
## $nFeature_RNA <int32>
## $RNA_snn_res.0.8 <dictionary<values=string, indices=int8>>
## $letter.idents <dictionary<values=string, indices=int8>>
## $groups <large_string>
## $RNA_snn_res.1 <dictionary<values=string, indices=int8>>
## $obs_id <large_string>Select multiple, contiguous rows:
obs$read(coords = 0:4)$concat()## Table
## 5 rows x 9 columns
## $soma_joinid <int64 not null>
## $orig.ident <dictionary<values=string, indices=int8>>
## $nCount_RNA <double>
## $nFeature_RNA <int32>
## $RNA_snn_res.0.8 <dictionary<values=string, indices=int8>>
## $letter.idents <dictionary<values=string, indices=int8>>
## $groups <large_string>
## $RNA_snn_res.1 <dictionary<values=string, indices=int8>>
## $obs_id <large_string>Selecting columns
As TileDB is a columnar format, it is possible to select a subset of
columns to read by using the column_names argument:
obs$read(coords = 0:4, column_names = c("obs_id", "groups"))$concat()## Table
## 5 rows x 2 columns
## $obs_id <large_string>
## $groups <large_string>Filtering
In addition to slicing by coordinates you can also apply filters to
the data using the value_filter argument. These expressions
are pushed down to the TileDB engine and efficiently applied to the data
on disk. Here are a few examples.
Identify all cells in the "g1" group:
obs$read(value_filter = "groups == 'g1'")$concat()$to_data_frame()## soma_joinid orig.ident nCount_RNA nFeature_RNA RNA_snn_res.0.8
## 1 1 SeuratProject 85 52 0
## 2 5 SeuratProject 70 48 0
## 3 6 SeuratProject 64 36 0
## 4 7 SeuratProject 72 45 0
## 5 8 SeuratProject 52 36 0
## 6 9 SeuratProject 100 41 0
## 7 11 SeuratProject 191 61 0
## 8 15 SeuratProject 168 44 0
## 9 17 SeuratProject 135 45 0
## 10 18 SeuratProject 79 43 0
## 11 20 SeuratProject 298 65 1
## 12 21 SeuratProject 406 74 1
## 13 24 SeuratProject 463 77 1
## 14 29 SeuratProject 353 80 1
## 15 30 SeuratProject 246 59 0
## 16 31 SeuratProject 115 51 0
## 17 32 SeuratProject 189 53 0
## 18 34 SeuratProject 156 48 0
## 19 35 SeuratProject 164 47 0
## 20 37 SeuratProject 151 59 0
## 21 38 SeuratProject 126 53 0
## 22 40 SeuratProject 156 60 0
## 23 44 SeuratProject 146 47 0
## 24 46 SeuratProject 126 48 0
## 25 48 SeuratProject 204 52 0
## 26 50 SeuratProject 371 75 1
## 27 54 SeuratProject 443 77 1
## 28 55 SeuratProject 417 75 0
## 29 56 SeuratProject 502 81 1
## 30 57 SeuratProject 324 76 1
## 31 59 SeuratProject 443 81 0
## 32 60 SeuratProject 787 88 0
## 33 61 SeuratProject 612 69 1
## 34 62 SeuratProject 286 68 0
## 35 63 SeuratProject 462 86 1
## 36 64 SeuratProject 872 96 1
## 37 67 SeuratProject 328 72 1
## 38 68 SeuratProject 389 73 1
## 39 69 SeuratProject 754 83 0
## 40 71 SeuratProject 172 29 0
## 41 74 SeuratProject 228 39 0
## 42 75 SeuratProject 527 47 0
## 43 77 SeuratProject 157 29 0
## 44 79 SeuratProject 233 76 1
## letter.idents groups RNA_snn_res.1 obs_id
## 1 A g1 0 CATGGCCTGTGCAT
## 2 A g1 0 TCTGATACACGTGT
## 3 A g1 0 TGGTATCTAAACAG
## 4 A g1 0 GCAGCTCTGTTTCT
## 5 A g1 0 GATATAACACGCAT
## 6 A g1 0 AATGTTGACAGTCA
## 7 A g1 2 AGAGATGATCTCGC
## 8 A g1 2 CTAAACCTGTGCAT
## 9 A g1 2 TTGGTACTGAATCC
## 10 A g1 2 CATCATACGGAGCA
## 11 B g1 1 TTACCATGAATCGC
## 12 B g1 1 ATAGGAGAAACAGA
## 13 B g1 1 ATTACCTGCCTTAT
## 14 B g1 1 CATCAGGATGCACA
## 15 A g1 0 CTAAACCTCTGACA
## 16 A g1 2 GATAGAGAAGGGTG
## 17 A g1 0 CTAACGGAACCGAT
## 18 A g1 0 TACTCTGAATCGAC
## 19 A g1 0 GCGCATCTTGCTCC
## 20 A g1 0 ACAGGTACTGGTGT
## 21 A g1 0 GGCATATGCTTATC
## 22 A g1 0 TAGGGACTGAACTC
## 23 A g1 2 CTGCCAACAGGAGC
## 24 A g1 0 AAGCAAGAGCTTAG
## 25 A g1 0 GGTGGAGATTACTC
## 26 B g1 1 CGTAGCCTGTATGC
## 27 B g1 1 AAGCGACTTTGACG
## 28 A g1 1 ACCAGTGAATACCG
## 29 B g1 1 ATTGCACTTGCTTT
## 30 B g1 1 CTAGGTGATGGTTG
## 31 A g1 0 CATGCGCTAGTCAC
## 32 A g1 2 TTGAGGACTACGCA
## 33 B g1 1 ATACCACTCTAAGC
## 34 A g1 2 CATATAGACTAAGC
## 35 B g1 1 TTTAGCTGTACTCT
## 36 B g1 2 GACATTCTCCACCT
## 37 B g1 1 GATAGAGATCACGA
## 38 B g1 1 AATGCGTGGACGGA
## 39 A g1 2 GCGTAAACACGGTT
## 40 A g1 0 GGCATATGGGGAGT
## 41 A g1 0 TTACGTACGTTCAG
## 42 A g1 0 GAGTTGTGGTAGCT
## 43 A g1 0 AGTCTTACTTCGGA
## 44 B g1 1 CTTGATTGATCTTCIdentify all cells in the "g1" or "g2"
group:
obs$read(value_filter = "groups == 'g1' | groups == 'g2'")$concat()$to_data_frame()## soma_joinid orig.ident nCount_RNA nFeature_RNA RNA_snn_res.0.8
## 1 0 SeuratProject 70 47 0
## 2 1 SeuratProject 85 52 0
## 3 2 SeuratProject 87 50 1
## 4 3 SeuratProject 127 56 0
## 5 4 SeuratProject 173 53 0
## 6 5 SeuratProject 70 48 0
## 7 6 SeuratProject 64 36 0
## 8 7 SeuratProject 72 45 0
## 9 8 SeuratProject 52 36 0
## 10 9 SeuratProject 100 41 0
## 11 10 SeuratProject 62 31 0
## 12 11 SeuratProject 191 61 0
## 13 12 SeuratProject 101 41 0
## 14 13 SeuratProject 51 26 0
## 15 14 SeuratProject 99 45 0
## 16 15 SeuratProject 168 44 0
## 17 16 SeuratProject 67 33 0
## 18 17 SeuratProject 135 45 0
## 19 18 SeuratProject 79 43 0
## 20 19 SeuratProject 109 41 0
## 21 20 SeuratProject 298 65 1
## 22 21 SeuratProject 406 74 1
## 23 22 SeuratProject 213 48 1
## 24 23 SeuratProject 231 49 1
## 25 24 SeuratProject 463 77 1
## 26 25 SeuratProject 87 42 1
## 27 26 SeuratProject 327 62 1
## 28 27 SeuratProject 224 50 1
## 29 28 SeuratProject 361 76 1
## 30 29 SeuratProject 353 80 1
## 31 30 SeuratProject 246 59 0
## 32 31 SeuratProject 115 51 0
## 33 32 SeuratProject 189 53 0
## 34 33 SeuratProject 187 61 0
## 35 34 SeuratProject 156 48 0
## 36 35 SeuratProject 164 47 0
## 37 36 SeuratProject 221 67 0
## 38 37 SeuratProject 151 59 0
## 39 38 SeuratProject 126 53 0
## 40 39 SeuratProject 316 65 0
## 41 40 SeuratProject 156 60 0
## 42 41 SeuratProject 139 61 0
## 43 42 SeuratProject 108 44 0
## 44 43 SeuratProject 41 32 0
## 45 44 SeuratProject 146 47 0
## 46 45 SeuratProject 104 40 0
## 47 46 SeuratProject 126 48 0
## 48 47 SeuratProject 94 55 0
## 49 48 SeuratProject 204 52 0
## 50 49 SeuratProject 99 45 0
## 51 50 SeuratProject 371 75 1
## 52 51 SeuratProject 387 83 1
## 53 52 SeuratProject 139 50 1
## 54 53 SeuratProject 99 42 1
## 55 54 SeuratProject 443 77 1
## 56 55 SeuratProject 417 75 0
## 57 56 SeuratProject 502 81 1
## 58 57 SeuratProject 324 76 1
## 59 58 SeuratProject 292 71 1
## 60 59 SeuratProject 443 81 0
## 61 60 SeuratProject 787 88 0
## 62 61 SeuratProject 612 69 1
## 63 62 SeuratProject 286 68 0
## 64 63 SeuratProject 462 86 1
## 65 64 SeuratProject 872 96 1
## 66 65 SeuratProject 709 94 1
## 67 66 SeuratProject 745 84 1
## 68 67 SeuratProject 328 72 1
## 69 68 SeuratProject 389 73 1
## 70 69 SeuratProject 754 83 0
## 71 70 SeuratProject 212 38 0
## 72 71 SeuratProject 172 29 0
## 73 72 SeuratProject 168 37 0
## 74 73 SeuratProject 210 33 0
## 75 74 SeuratProject 228 39 0
## 76 75 SeuratProject 527 47 0
## 77 76 SeuratProject 202 30 0
## 78 77 SeuratProject 157 29 0
## 79 78 SeuratProject 150 30 0
## 80 79 SeuratProject 233 76 1
## letter.idents groups RNA_snn_res.1 obs_id
## 1 A g2 0 ATGCCAGAACGACT
## 2 A g1 0 CATGGCCTGTGCAT
## 3 B g2 0 GAACCTGATGAACC
## 4 A g2 0 TGACTGGATTCTCA
## 5 A g2 0 AGTCAGACTGCACA
## 6 A g1 0 TCTGATACACGTGT
## 7 A g1 0 TGGTATCTAAACAG
## 8 A g1 0 GCAGCTCTGTTTCT
## 9 A g1 0 GATATAACACGCAT
## 10 A g1 0 AATGTTGACAGTCA
## 11 A g2 2 AGGTCATGAGTGTC
## 12 A g1 2 AGAGATGATCTCGC
## 13 A g2 2 GGGTAACTCTAGTG
## 14 A g2 2 CATGAGACACGGGA
## 15 A g2 2 TACGCCACTCCGAA
## 16 A g1 2 CTAAACCTGTGCAT
## 17 A g2 2 GTAAGCACTCATTC
## 18 A g1 2 TTGGTACTGAATCC
## 19 A g1 2 CATCATACGGAGCA
## 20 A g2 2 TACATCACGCTAAC
## 21 B g1 1 TTACCATGAATCGC
## 22 B g1 1 ATAGGAGAAACAGA
## 23 B g2 1 GCGCACGACTTTAC
## 24 B g2 1 ACTCGCACGAAAGT
## 25 B g1 1 ATTACCTGCCTTAT
## 26 B g2 1 CCCAACTGCAATCG
## 27 B g2 1 AAATTCGAATCACG
## 28 B g2 1 CCATCCGATTCGCC
## 29 B g2 1 TCCACTCTGAGCTT
## 30 B g1 1 CATCAGGATGCACA
## 31 A g1 0 CTAAACCTCTGACA
## 32 A g1 2 GATAGAGAAGGGTG
## 33 A g1 0 CTAACGGAACCGAT
## 34 A g2 0 AGATATACCCGTAA
## 35 A g1 0 TACTCTGAATCGAC
## 36 A g1 0 GCGCATCTTGCTCC
## 37 A g2 0 GTTGACGATATCGG
## 38 A g1 0 ACAGGTACTGGTGT
## 39 A g1 0 GGCATATGCTTATC
## 40 A g2 0 CATTACACCAACTG
## 41 A g1 0 TAGGGACTGAACTC
## 42 A g2 2 GCTCCATGAGAAGT
## 43 A g2 0 TACAATGATGCTAG
## 44 A g2 0 CTTCATGACCGAAT
## 45 A g1 2 CTGCCAACAGGAGC
## 46 A g2 2 TTGCATTGAGCTAC
## 47 A g1 0 AAGCAAGAGCTTAG
## 48 A g2 0 CGGCACGAACTCAG
## 49 A g1 0 GGTGGAGATTACTC
## 50 A g2 0 GGCCGATGTACTCT
## 51 B g1 1 CGTAGCCTGTATGC
## 52 B g2 1 TGAGCTGAATGCTG
## 53 B g2 2 CCTATAACGAGACG
## 54 B g2 1 ATAAGTTGGTACGT
## 55 B g1 1 AAGCGACTTTGACG
## 56 A g1 1 ACCAGTGAATACCG
## 57 B g1 1 ATTGCACTTGCTTT
## 58 B g1 1 CTAGGTGATGGTTG
## 59 B g2 1 GCACTAGACCTTTA
## 60 A g1 0 CATGCGCTAGTCAC
## 61 A g1 2 TTGAGGACTACGCA
## 62 B g1 1 ATACCACTCTAAGC
## 63 A g1 2 CATATAGACTAAGC
## 64 B g1 1 TTTAGCTGTACTCT
## 65 B g1 2 GACATTCTCCACCT
## 66 B g2 1 ACGTGATGCCATGA
## 67 B g2 1 ATTGTAGATTCCCG
## 68 B g1 1 GATAGAGATCACGA
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## 70 A g1 2 GCGTAAACACGGTT
## 71 A g2 0 ATTCAGCTCATTGG
## 72 A g1 0 GGCATATGGGGAGT
## 73 A g2 0 ATCATCTGACACCA
## 74 A g2 0 GTCATACTTCGCCT
## 75 A g1 0 TTACGTACGTTCAG
## 76 A g1 0 GAGTTGTGGTAGCT
## 77 A g2 0 GACGCTCTCTCTCG
## 78 A g1 0 AGTCTTACTTCGGA
## 79 A g2 0 GGAACACTTCAGAC
## 80 B g1 1 CTTGATTGATCTTCAltenratively, you can use the %in% operator:
obs$read(value_filter = "groups %in% c('g1', 'g2')")$concat()$to_data_frame()## soma_joinid orig.ident nCount_RNA nFeature_RNA RNA_snn_res.0.8
## 1 0 SeuratProject 70 47 0
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## 6 5 SeuratProject 70 48 0
## 7 6 SeuratProject 64 36 0
## 8 7 SeuratProject 72 45 0
## 9 8 SeuratProject 52 36 0
## 10 9 SeuratProject 100 41 0
## 11 10 SeuratProject 62 31 0
## 12 11 SeuratProject 191 61 0
## 13 12 SeuratProject 101 41 0
## 14 13 SeuratProject 51 26 0
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## 17 16 SeuratProject 67 33 0
## 18 17 SeuratProject 135 45 0
## 19 18 SeuratProject 79 43 0
## 20 19 SeuratProject 109 41 0
## 21 20 SeuratProject 298 65 1
## 22 21 SeuratProject 406 74 1
## 23 22 SeuratProject 213 48 1
## 24 23 SeuratProject 231 49 1
## 25 24 SeuratProject 463 77 1
## 26 25 SeuratProject 87 42 1
## 27 26 SeuratProject 327 62 1
## 28 27 SeuratProject 224 50 1
## 29 28 SeuratProject 361 76 1
## 30 29 SeuratProject 353 80 1
## 31 30 SeuratProject 246 59 0
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## 33 32 SeuratProject 189 53 0
## 34 33 SeuratProject 187 61 0
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## 51 50 SeuratProject 371 75 1
## 52 51 SeuratProject 387 83 1
## 53 52 SeuratProject 139 50 1
## 54 53 SeuratProject 99 42 1
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## 59 58 SeuratProject 292 71 1
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## 66 65 SeuratProject 709 94 1
## 67 66 SeuratProject 745 84 1
## 68 67 SeuratProject 328 72 1
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## 70 69 SeuratProject 754 83 0
## 71 70 SeuratProject 212 38 0
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## 77 76 SeuratProject 202 30 0
## 78 77 SeuratProject 157 29 0
## 79 78 SeuratProject 150 30 0
## 80 79 SeuratProject 233 76 1
## letter.idents groups RNA_snn_res.1 obs_id
## 1 A g2 0 ATGCCAGAACGACT
## 2 A g1 0 CATGGCCTGTGCAT
## 3 B g2 0 GAACCTGATGAACC
## 4 A g2 0 TGACTGGATTCTCA
## 5 A g2 0 AGTCAGACTGCACA
## 6 A g1 0 TCTGATACACGTGT
## 7 A g1 0 TGGTATCTAAACAG
## 8 A g1 0 GCAGCTCTGTTTCT
## 9 A g1 0 GATATAACACGCAT
## 10 A g1 0 AATGTTGACAGTCA
## 11 A g2 2 AGGTCATGAGTGTC
## 12 A g1 2 AGAGATGATCTCGC
## 13 A g2 2 GGGTAACTCTAGTG
## 14 A g2 2 CATGAGACACGGGA
## 15 A g2 2 TACGCCACTCCGAA
## 16 A g1 2 CTAAACCTGTGCAT
## 17 A g2 2 GTAAGCACTCATTC
## 18 A g1 2 TTGGTACTGAATCC
## 19 A g1 2 CATCATACGGAGCA
## 20 A g2 2 TACATCACGCTAAC
## 21 B g1 1 TTACCATGAATCGC
## 22 B g1 1 ATAGGAGAAACAGA
## 23 B g2 1 GCGCACGACTTTAC
## 24 B g2 1 ACTCGCACGAAAGT
## 25 B g1 1 ATTACCTGCCTTAT
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## 27 B g2 1 AAATTCGAATCACG
## 28 B g2 1 CCATCCGATTCGCC
## 29 B g2 1 TCCACTCTGAGCTT
## 30 B g1 1 CATCAGGATGCACA
## 31 A g1 0 CTAAACCTCTGACA
## 32 A g1 2 GATAGAGAAGGGTG
## 33 A g1 0 CTAACGGAACCGAT
## 34 A g2 0 AGATATACCCGTAA
## 35 A g1 0 TACTCTGAATCGAC
## 36 A g1 0 GCGCATCTTGCTCC
## 37 A g2 0 GTTGACGATATCGG
## 38 A g1 0 ACAGGTACTGGTGT
## 39 A g1 0 GGCATATGCTTATC
## 40 A g2 0 CATTACACCAACTG
## 41 A g1 0 TAGGGACTGAACTC
## 42 A g2 2 GCTCCATGAGAAGT
## 43 A g2 0 TACAATGATGCTAG
## 44 A g2 0 CTTCATGACCGAAT
## 45 A g1 2 CTGCCAACAGGAGC
## 46 A g2 2 TTGCATTGAGCTAC
## 47 A g1 0 AAGCAAGAGCTTAG
## 48 A g2 0 CGGCACGAACTCAG
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## 50 A g2 0 GGCCGATGTACTCT
## 51 B g1 1 CGTAGCCTGTATGC
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## 56 A g1 1 ACCAGTGAATACCG
## 57 B g1 1 ATTGCACTTGCTTT
## 58 B g1 1 CTAGGTGATGGTTG
## 59 B g2 1 GCACTAGACCTTTA
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## 61 A g1 2 TTGAGGACTACGCA
## 62 B g1 1 ATACCACTCTAAGC
## 63 A g1 2 CATATAGACTAAGC
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## 65 B g1 2 GACATTCTCCACCT
## 66 B g2 1 ACGTGATGCCATGA
## 67 B g2 1 ATTGTAGATTCCCG
## 68 B g1 1 GATAGAGATCACGA
## 69 B g1 1 AATGCGTGGACGGA
## 70 A g1 2 GCGTAAACACGGTT
## 71 A g2 0 ATTCAGCTCATTGG
## 72 A g1 0 GGCATATGGGGAGT
## 73 A g2 0 ATCATCTGACACCA
## 74 A g2 0 GTCATACTTCGCCT
## 75 A g1 0 TTACGTACGTTCAG
## 76 A g1 0 GAGTTGTGGTAGCT
## 77 A g2 0 GACGCTCTCTCTCG
## 78 A g1 0 AGTCTTACTTCGGA
## 79 A g2 0 GGAACACTTCAGAC
## 80 B g1 1 CTTGATTGATCTTCIdentify all cells in the "g1" group with more than more
than 60 features:
obs$read(value_filter = "groups == 'g1' & nFeature_RNA > 60")$concat()$to_data_frame()## soma_joinid orig.ident nCount_RNA nFeature_RNA RNA_snn_res.0.8
## 1 11 SeuratProject 191 61 0
## 2 20 SeuratProject 298 65 1
## 3 21 SeuratProject 406 74 1
## 4 24 SeuratProject 463 77 1
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## 7 54 SeuratProject 443 77 1
## 8 55 SeuratProject 417 75 0
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## 10 57 SeuratProject 324 76 1
## 11 59 SeuratProject 443 81 0
## 12 60 SeuratProject 787 88 0
## 13 61 SeuratProject 612 69 1
## 14 62 SeuratProject 286 68 0
## 15 63 SeuratProject 462 86 1
## 16 64 SeuratProject 872 96 1
## 17 67 SeuratProject 328 72 1
## 18 68 SeuratProject 389 73 1
## 19 69 SeuratProject 754 83 0
## 20 79 SeuratProject 233 76 1
## letter.idents groups RNA_snn_res.1 obs_id
## 1 A g1 2 AGAGATGATCTCGC
## 2 B g1 1 TTACCATGAATCGC
## 3 B g1 1 ATAGGAGAAACAGA
## 4 B g1 1 ATTACCTGCCTTAT
## 5 B g1 1 CATCAGGATGCACA
## 6 B g1 1 CGTAGCCTGTATGC
## 7 B g1 1 AAGCGACTTTGACG
## 8 A g1 1 ACCAGTGAATACCG
## 9 B g1 1 ATTGCACTTGCTTT
## 10 B g1 1 CTAGGTGATGGTTG
## 11 A g1 0 CATGCGCTAGTCAC
## 12 A g1 2 TTGAGGACTACGCA
## 13 B g1 1 ATACCACTCTAAGC
## 14 A g1 2 CATATAGACTAAGC
## 15 B g1 1 TTTAGCTGTACTCT
## 16 B g1 2 GACATTCTCCACCT
## 17 B g1 1 GATAGAGATCACGA
## 18 B g1 1 AATGCGTGGACGGA
## 19 A g1 2 GCGTAAACACGGTT
## 20 B g1 1 CTTGATTGATCTTCSOMA SparseNDArray
For SOMASparseNDArray, let’s consider the X
layer containing the "counts" data:
counts <- experiment$ms$get("RNA")$X$get("counts")
counts## <SOMASparseNDArray>
## uri: file:///tmp/RtmpIVSbZh/soma-exp-pbmc-small/ms/RNA/X/counts
## dimensions: soma_dim_0, soma_dim_1
## attributes: soma_dataSimilar to SOMADataFrame, we can load the data into
memory as an Arrow Table:
counts$read()$tables()$concat()## Table
## 4456 rows x 3 columns
## $soma_dim_0 <int64 not null>
## $soma_dim_1 <int64 not null>
## $soma_data <double not null>Or as a $$`Matrix::sparseMatrix()`$$:
counts$read()$sparse_matrix()$concat()## 80 x 230 sparse Matrix of class "dgTMatrix"
##
## [1,] . 1 . . . 1 . . 3 . . 1 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . 4 . .
## [2,] . . . 1 . . . . 7 . . . . . . . . . . . . 1 1 . 2 . 1 . . . 4 3 1
## [3,] . . . . . . . . 11 . . 1 . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . 4 2 .
## [4,] . . . . . . . . 13 . . 1 . . . . . . . . . . 6 . . . . . . . 5 2 1
## [5,] . . . 1 . . . . 3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 3 .
## [6,] . . . 1 . . . . 4 . . . . 1 . . . . . . . . 2 1 . . . . . . 4 1 1
## [7,] . . . . . . . . 6 . . . . . . . . . . . . . 4 . . . . . . . 3 1 1
## [8,] . . . 1 . . . . 4 . . . . . . . . . . . . . 1 1 . . . . . . 2 3 .
## [9,] . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 2 .
## [10,] . 1 . . . . . . 21 . . 1 . . . . . . . . . . 4 . 1 . . . . . 2 1 1
## [11,] 2 2 . 14 3 1 3 . 2 . . . 1 . 3 . . . . 1 1 1 2 2 . 2 . 1 1 1 . . .
## [12,] 2 4 5 28 . 6 1 4 9 2 1 3 . 1 . 3 1 1 . . . . . . 1 2 4 . . . . . .
## [13,] 4 3 2 18 2 2 . 1 2 . 1 2 1 . 1 . . . . . 1 . 4 . 1 1 . 15 . . . . .
## [14,] 4 3 2 7 4 2 . 1 4 1 . . . 1 . 1 2 . . . 1 . 1 . . . . . 1 . . . .
## [15,] 2 2 5 15 . 2 2 2 4 1 . 1 . . 1 . . 1 . . . 2 . 2 2 . 1 . . . . . .
## [16,] 3 3 8 28 . 8 . 2 . 1 . 2 . 3 1 . 1 . 1 1 . . . . 3 . 1 . . 1 . 2 .
## [17,] 3 1 1 7 3 2 2 1 3 . 1 2 1 . . . . . 2 1 . . 4 . . 1 . . . 1 . . .
## [18,] 4 2 5 26 3 2 1 2 6 . 1 . 2 . . 1 . 1 1 1 . 2 2 . 1 . 1 23 1 . . . .
## [19,] 2 2 5 10 3 1 1 . 5 1 . 1 2 1 . . 1 . . . 1 1 6 1 . 1 . . . . . . .
## [20,] 3 5 12 16 2 2 2 1 7 . 1 . . . . 2 . 3 1 . . . 2 1 1 1 . . . 1 . . .
## [21,] . . . 7 . . 1 . 1 . . . . . . . . . . . . . 3 . . . . . . . . . .
## [22,] . . . 22 . 3 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 .
## [23,] . . 1 . . . 1 . . . . 1 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [24,] . . . 10 . . . 1 1 . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . .
## [25,] 1 . . 6 . . . . 1 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1 .
## [26,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [27,] . . . 4 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
## [28,] . . 1 3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . .
## [29,] . . . 7 . 1 . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [30,] . 1 . 13 . . . . 1 . . . 1 . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . .
## [31,] . 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . 1 .
## [32,] . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . 7 . .
## [33,] . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . 1 .
## [34,] . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . 1 .
## [35,] . . . 1 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . .
## [36,] . . . . . . . . . . . 1 . 1 . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
## [37,] . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . .
## [38,] . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . 2 .
## [39,] . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . 4 . . . . . . . 1 . .
## [40,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . .
## [41,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 . . . . . . . . 1 .
## [42,] . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . 2 . .
## [43,] . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . 3 . . . . . . . 3 . .
## [44,] . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . .
## [45,] . . . . . . . . 7 . . 1 . . . . . . . . . . 6 1 1 . . . . . 3 . .
## [46,] . . . 1 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . 1 . . 3 . . . . 15 . .
## [47,] . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1 .
## [48,] . . . 1 . . . . 1 . . . . 1 . . . . . . . . 1 . . . . . . . 3 . .
## [49,] . . . . . . . . 5 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 . .
## [50,] . . . . . . . . 3 . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . 4 1 .
## [51,] . 1 . 10 . . . . 1 . . . . . 1 . . . . . . . . 1 . . . . . . . . .
## [52,] . . . 10 . 1 . . 2 . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . 2 .
## [53,] . 1 . 4 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [54,] . 1 . 1 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
## [55,] . 2 . 6 . 2 . 1 1 . . 1 . . 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . .
## [56,] . 2 . 28 . . 1 . 1 . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . 1 .
## [57,] . . . 10 . . . . 1 . . 1 . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . 1 .
## [58,] . . . 13 . 1 . 1 1 . . . 1 . . . . . . . . 1 . 1 . . . . . . . . .
## [59,] . 3 . 5 . 1 1 . 2 . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
## [60,] . . . 8 . . . 1 1 . . . . . . . . . . . . . 2 . 1 . . . . . . . .
## [61,] . . . 108 . 21 . 3 . . . 1 . . 1 . . . . . . 2 12 . . 1 . . . . . 1 .
## [62,] . . . 93 . 21 . 2 1 . . . . . . . . . . . . . 3 . 2 . . . . . . 1 .
## [63,] . . . 41 . 3 . 1 . . . . . . . . . . . . . . 1 . 1 1 . . . . . . .
## [64,] . 4 8 42 4 5 . 4 5 . . 3 . . . 1 . . . . 1 . 3 . 1 1 . . . 2 . . .
## [65,] . 1 . 138 . 11 . 5 . . . 1 . . 1 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . .
## [66,] . . . 77 . 11 . 2 . . . . . . . . . . . . . 1 1 . . . . . . . . 1 .
## [67,] . . . 76 . 10 . 1 . . . . . . 1 . . . . . . . 2 . . . . . . . . . .
## [68,] 1 . . 15 . 1 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 .
## [69,] . . 1 19 . 2 . 1 1 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1 . . . . . .
## [70,] . . . 104 . 11 . 5 4 . . 1 . . . . . . . . . . 2 . . . . . . . 1 1 .
## [71,] . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [72,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [73,] . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [74,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [75,] . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [76,] . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . 1 . . . . . .
## [77,] . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [78,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [79,] . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [80,] . . . 7 . 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . .
##
## [1,] 1 5 . 1 . 1 . . . 3 3 . 1 3 . 1 1 1 1 2 . 1 2 1 2 1 . . . . 1 . .
## [2,] . 2 . 1 1 1 5 2 2 2 3 . . 1 2 . . 2 . . . 3 2 1 . . . . . . . . 1
## [3,] 2 1 1 . 1 . . 1 . 1 . . 1 2 1 . 2 . . 1 1 2 2 1 . . . . . . 9 . 1
## [4,] 2 2 . . 1 1 . 1 2 6 4 2 . 5 4 . . . . 1 2 3 3 1 2 1 . . . . 8 . 1
## [5,] . 2 . . 36 . 2 . 1 5 2 . . 2 3 . 2 1 . 54 . 2 2 . . . . . . 1 1 . 3
## [6,] 1 . 2 . . . . 2 2 3 1 1 1 4 1 1 . . . 2 1 . 1 . . 1 . . . . . 1 .
## [7,] . 1 3 1 . . 1 1 . 4 1 . . 3 3 1 . . . 1 2 . . . 2 1 . . . . 3 . .
## [8,] 1 12 2 1 . 1 1 . 2 . 2 1 1 2 4 1 . . 1 1 2 . . 1 1 . . . . . 3 . .
## [9,] 2 . 3 1 . . . 1 3 1 1 . 1 3 2 . 1 . . 1 . 1 3 2 1 . . . . . . . .
## [10,] 1 9 . 1 . 1 1 . 1 6 1 . 1 . . . . . 1 3 1 . . . 1 . . . . . 3 . .
## [11,] . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . .
## [12,] . . . . . . . . 1 1 1 . . 2 . . . . . 2 1 . 1 . . . . . . . . . .
## [13,] . . 1 . . . . . . . 1 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 .
## [14,] . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . 1 . . . . . . . . . 2 . . .
## [15,] . 1 . . . . . . . . . . 1 5 . . . . . . . 1 . . . . 1 . . . . . .
## [16,] . . 1 . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . 1 . . . . 1 . . . . . .
## [17,] . . . . . . . . . 2 1 . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . 2
## [18,] . . . . . . . . . . 3 . . 1 1 . . . . . . . . . . . 1 . . 1 . 1 .
## [19,] . 1 . . . . . . . 1 1 . 1 . 1 . . . . . . 1 . . . . . 1 1 . . . .
## [20,] . . 1 . . . 1 . . . 1 . . . 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . .
## [21,] . 1 . . . . . . . 1 . . . . 1 1 . . . . . . . . . . . . . 2 . . .
## [22,] . . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . 1 . . .
## [23,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [24,] . . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [25,] . . . . . . . 1 . 1 3 . . 1 . . . . . 1 . 1 . 1 . . 1 . . . . 1 .
## [26,] . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [27,] . . . 1 . . . . . 1 . . . 1 . . . . . . . . . 1 . . . . . 1 . . .
## [28,] . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . 1 . 1 . . . . . . . . .
## [29,] . . . . 1 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . 1 . 1 . . . . . .
## [30,] . 1 1 . . . . . . . 1 . . 1 . . 1 . . 3 . . . . . . . . . 1 . . .
## [31,] . 2 . . 1 . . . . . . . 1 2 . . . . . 1 . . 3 . . . 1 1 . 35 . . .
## [32,] 2 . . . . . . . . . . . . 2 1 . . . . . . . . . . . . 3 . 14 2 . .
## [33,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . 1 . . . . 2 . 12 . . .
## [34,] . . . . . . . . . 2 . . . 2 1 . . . . 15 1 1 1 . 1 . . 3 . 30 5 . .
## [35,] . . . . 1 . . . . 2 . . . . . . . . . . . . 1 . . . . 2 . 20 4 . .
## [36,] . . . . . . . 1 . . . . . . . . 1 . . . . . 3 . . . . 4 . 27 . . 2
## [37,] . . . . . . . . . 1 . . . . . . 1 . . . . 1 4 . 2 . 1 8 . 28 . . .
## [38,] . . . 1 . . . . . . . . . 1 . . . . . . 1 . 2 . . . 1 6 . 10 . . .
## [39,] . . . . . . . . . . . . . 3 1 . . . . . . . 1 . . . 1 1 . 25 . . 1
## [40,] 2 . . . . . . . . . . . 1 1 . . . . . 1 1 . 1 . . . . 11 . 27 7 . 1
## [41,] . . . . . . . . . 2 2 . . 1 1 1 . . . 2 . . 2 . . . . 1 1 31 8 . .
## [42,] . 1 . . . . . . . 1 2 . . . . . . . . 1 . . 1 . 1 . 1 4 . 22 5 1 1
## [43,] . 3 . . . . . . . 4 . . . . 2 . . . . 3 1 1 4 . . . 1 1 2 7 5 . 1
## [44,] . 1 . . . . . . . . 1 . . 1 . . . . . 1 . . . . . . 1 2 1 2 . . 2
## [45,] . 1 . . . . . 1 . 4 . 1 . 2 1 . . . . . . . 2 . . . . 1 2 4 7 . 47
## [46,] . 1 . . . . . . 1 4 . . . . 2 . . . . 1 . . . 2 . . . 2 . 14 1 . .
## [47,] 2 . . . . . . . 1 . . . . 2 . . . . . 1 . . . . . . 1 2 . 16 6 1 1
## [48,] . 2 1 . . . . 1 . . 1 . . 3 1 . . . . 1 . . . . . . . 1 2 4 7 1 1
## [49,] . . . . 2 . . . . . . . . . 5 . . . . . . . . . . . 39 5 . 29 6 1 1
## [50,] . 2 1 . . . . . . 2 . . . 1 2 . . . . 1 3 . 1 . 1 1 . 1 3 8 1 1 1
## [51,] . . . 1 . . . 1 . . 1 . . . . 1 . . . . . 1 . . 1 . . . . 5 . . .
## [52,] . . . . . 1 . . . . 1 . . 2 . . 1 . . 1 . . . 1 1 . . . . 3 . . 2
## [53,] . . . 1 . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . .
## [54,] . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [55,] . . 1 . . . . . . . 1 . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [56,] . . . . . . . . 2 2 . . 2 . . . . . . 1 . 1 . . . . . . . . . . .
## [57,] . . . . 1 . . . 3 . . . . 1 . . 1 . . . . . . . 1 . 1 . . 5 1 1 2
## [58,] . . . . . . . . . 1 . . . . . 1 . . . 3 . . . . . . . . . . 1 . .
## [59,] . . . . 1 . . . . . . . . 2 . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . 1
## [60,] . . . . . . . . 1 1 1 . 1 1 . . . . . . . 1 . . 1 . 2 . . . . 1 .
## [61,] . 1 . . 1 . . 1 . 2 . 1 . 4 1 . . . . . . . . . . . 3 . . . . . .
## [62,] . 1 . . . . . . . . . . . . . 1 . . . 2 . 1 . 1 2 . . . . 1 . . .
## [63,] . 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . 1 . 1 . . . . . 1 . . . . .
## [64,] . . . . . . . . 1 5 2 . . 4 . . . . . 1 . . . . 2 . 2 . . . . 1 .
## [65,] 2 1 . . 1 . . . 1 2 3 . . 2 . . . . . 3 1 4 . . . . . 1 . 1 1 . .
## [66,] 1 . . . . . . . 1 2 1 . . 4 . . 1 . . . . . . . 1 . . . . 3 . 1 1
## [67,] . . . . 1 . . . . . . . . 1 . . . . . 1 . 2 . . . . 1 . . . . . .
## [68,] . 1 . . . . . . 1 1 . . . . . . . . . 5 . . . . . . . . . 1 . . .
## [69,] . . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . 13 . . . . 1 . . 1 . . . . .
## [70,] . . . . 2 . . . . . . . . 1 1 . . . . 2 . . 1 . . . . . 1 1 . . .
## [71,] . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [72,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [73,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
## [74,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [75,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [76,] . 1 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [77,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [78,] . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [79,] . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [80,] . . . . . . . . 1 1 1 . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . 1 . .
##
## [1,] . . . . . . . . . . . 1 . . . 1 . . . . . . . . 1 . 1 . . . .
## [2,] . 3 . . 2 . 2 . . 1 . 2 . . . . . . . . . . . 1 1 . 1 . . . .
## [3,] . 2 . . 2 . . . . . . 2 . . . . . . . . 1 . . 1 1 . . . . 1 .
## [4,] . . 2 . 4 . . . 1 . . . 1 . . . . . . 1 . 1 . . . . . 2 . 1 .
## [5,] 1 1 . . 1 . . 1 . . . . . . . . . . . . 1 2 . . . . . . . . 1
## [6,] . 1 . . 1 . . . . . . 1 1 . . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
## [7,] . 2 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . .
## [8,] . . . 1 . . 1 . . . . . 1 . . . 1 . . . . . . 1 . . . . . . .
## [9,] . . . . . . . . . . . 2 2 . 1 . . . . . 1 . . . 1 . 1 1 . . .
## [10,] . 2 . . 6 . 2 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 .
## [11,] . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . 1 . . 1 . 1 . . . .
## [12,] 1 . . . 1 . . 2 . . . . 2 . . 1 . . . . 1 1 . . 4 . . . . 1 .
## [13,] . . . . . . . . . . . . 1 1 . . . . . . . . . . . . . . . 1 .
## [14,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
## [15,] . . . . 1 . . . . . . . 1 . . 1 . . . . . . . . . . . . . 1 .
## [16,] . . . 1 1 . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [17,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [18,] . . . . 1 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
## [19,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . 1 . . . . 1 .
## [20,] . . . . . . . 1 . . . 2 1 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 .
## [21,] 1 . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . 2 18 30 50 1 10 14 3 3 4
## [22,] . . 1 . . . 1 . 1 . . . . 1 . . . . . . . . 5 12 29 2 6 13 2 13 7
## [23,] . . . . . . 1 1 . . . . . . . . . . . . . . 25 51 25 2 5 3 . 5 1
## [24,] . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . 5 22 49 4 9 10 . . 6
## [25,] . . . . 3 . 1 . . . . . 1 . . . . . . . . . 25 85 98 1 7 16 1 11 5
## [26,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 3 11 . 1 4 . . 1
## [27,] . . . . 1 . . . . . . . . 1 . . . . . . . . 24 54 59 1 1 13 1 2 6
## [28,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40 55 28 1 2 12 . 3 4
## [29,] . . . . 1 . . . . . 1 1 . . . . . . . . . . 16 35 34 3 8 19 1 5 5
## [30,] . . 1 . . . . . . . . . 1 . . 1 . . . 1 . . 11 17 16 . 7 12 . 10 1
## [31,] 4 . . . . . . . . . . 1 . . . 1 . . . . . . 1 . . . . 3 . . .
## [32,] 4 1 2 . 2 . . . . . . 1 . . . 1 . . 1 . . . . . . . . . . 1 .
## [33,] 2 . 5 . . . 1 . . 1 . . . 1 . 1 . . 1 . . . . . 1 . . 4 . . .
## [34,] 7 2 14 1 . . 1 . . . . 1 . . . . . . 1 . . 2 . 1 . . . 3 . 1 2
## [35,] 2 1 . . 1 . . . . . . 1 . . 2 . . . . . . 2 . 1 2 . . 6 . . .
## [36,] 4 1 29 . . . 2 1 . . . . 1 . . . . . . . . 1 1 . . . . 7 . 1 .
## [37,] 3 1 1 . 1 . . . . . . . 1 . . . . . . 2 . 1 . 1 . . . 3 . . .
## [38,] 3 2 7 . . . 1 . . . . 1 1 . 3 . . . . . . 1 . . 1 . 1 4 . . .
## [39,] 2 1 5 . 1 . 1 . . . . . 2 . . . . . . . . 1 . . . . . 5 . . .
## [40,] 5 . 25 . 2 . 1 1 . . . 1 1 . 2 2 . . . . 1 . . . . . . 15 . . 1
## [41,] 2 1 . 1 1 1 1 1 1 . . . 1 . . 1 1 . 1 . . 2 . . . . . 2 . 5 .
## [42,] 3 1 14 . 2 . . 2 . . 1 1 2 1 1 1 1 . . 1 . 1 . . 1 . . . . 1 .
## [43,] 1 2 27 1 1 . 2 . . 3 . 3 1 . . . 1 1 . . 1 2 . . 1 . . 1 . 1 .
## [44,] 1 . 3 . 1 . 1 1 . . . . 1 1 . 1 . 1 . 1 1 . . . . . . 1 . . .
## [45,] . 1 13 . 1 1 . 1 1 1 . 1 1 . . 1 . 1 2 1 2 2 . . . . . . . . .
## [46,] 2 2 17 1 2 . . 1 . 3 . . . 1 . 1 . 2 1 . . 1 . . . . . . . . .
## [47,] 8 1 7 . 4 . 1 . 1 3 . . 1 . 1 1 . . . . . . . . . . 1 . . 1 .
## [48,] 4 1 3 1 1 . 1 1 . . 1 7 2 1 4 . . . 1 1 . 1 . . 1 . . . . . .
## [49,] 5 1 16 1 2 1 17 1 . . 1 . . 1 1 1 . . . 1 . 2 . . . . . . . 1 .
## [50,] 2 1 12 . 4 1 . . . . 2 1 2 . 1 . 13 . . . 1 . . . . . 2 . . . .
## [51,] . . 3 . 2 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . 2 20 41 . 13 11 . 2 6
## [52,] . . 1 . 1 . . . . . . . 1 . . . . . 1 . . 1 2 6 4 . 7 21 . 2 5
## [53,] . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 3 . 5 2 . 2 1
## [54,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 . 3 . 1 5 . . 1
## [55,] . . . . 2 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . 3 10 14 . 4 21 . 2 6
## [56,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . 2 . 4 17 1 3 13 . 1 4
## [57,] . 1 . . 3 . 1 . . . . . 1 . . . . . . . . 1 1 8 7 . 1 16 . 1 3
## [58,] . . . . 1 . . . . . . . 1 . . . . . . . . 1 1 6 6 . 1 9 . 1 2
## [59,] . . . . 3 . 2 . . . . . . . . 2 . . . . . . 2 . 9 . 2 16 . 2 4
## [60,] . . . . 1 . . . . . . . 1 . . . . . . . 1 1 . . 6 . . 17 . 9 5
## [61,] . . . 2 . . 1 1 . . . . . 1 . 1 1 . . 1 1 1 . . 76 . . 2 . 2 1
## [62,] . . 1 . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . 20 . . 8 . 2 3
## [63,] . . . . 3 . . . . . . 1 1 . . 1 . . . . . . . 1 24 . 3 6 . . 2
## [64,] . . . . . . 1 1 . . . . 1 . . . . . . . . . 2 10 79 2 1 9 1 1 5
## [65,] 1 . 1 1 1 . 1 2 . . . . . . . 1 . . 1 . . 1 1 . 53 2 2 11 . 1 14
## [66,] 1 . 1 . 3 . . 2 . . . . . 1 . . . . . . . 4 9 41 53 1 4 14 1 6 11
## [67,] . . . . 2 . . . . . . . 2 1 . . . . . . 1 . 1 11 87 1 6 10 . 1 3
## [68,] . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . 1 23 32 76 1 1 10 . 3 4
## [69,] . . . . 4 . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 17 42 . . 6 1 2 8
## [70,] 1 . . . 2 . . . . 1 . 2 . . . . . . . . . 2 . . 114 . . 7 1 4 4
## [71,] . . 8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 3 . . . . . .
## [72,] . . 5 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . 1 . . . . . .
## [73,] . . 4 . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . 1 . . . . . .
## [74,] . . 10 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . .
## [75,] . . 11 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
## [76,] . . 30 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . .
## [77,] . . 8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [78,] . . 5 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [79,] . . 9 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [80,] . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 7 22 . . 14 . 6 2
##
## [1,] 1 . . . 1 . . . . 1 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . .
## [2,] 1 . . . . . . . . . . 1 . . . 1 1 1 . . . . . . . . . . . .
## [3,] . . . . 1 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . .
## [4,] . . . . 2 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . 1 . .
## [5,] 1 1 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 .
## [6,] 2 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [7,] . 1 . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . 1 . . . 1
## [8,] 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . .
## [9,] 1 . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [10,] 1 1 . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . .
## [11,] 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 . . . . 4 . . 1
## [12,] . 1 . . . . . 1 . . . . 1 . . . . . . . . 8 . . 1 . 10 4 . 4
## [13,] 1 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . 2 . . . . 4 4 . 3
## [14,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . 4 1 . .
## [15,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 . . . . 8 . . 4
## [16,] . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9 . . 4 . 23 8 . 8
## [17,] 1 1 . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . 7 1 . 1
## [18,] 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 . . 1 . . 5 . 2
## [19,] . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . 4 . . 2
## [20,] 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 . . 1 . 6 1 . 4
## [21,] 15 1 . . 2 1 . 1 1 2 1 3 5 12 . 2 . . . 1 5 . . . . . . 1 . .
## [22,] 9 2 . 1 14 1 1 3 1 27 1 4 1 6 . . 4 . 1 . 3 13 . . 4 . 18 5 1 8
## [23,] 1 6 1 . 10 1 . 1 . . . 2 . 2 1 . . . 1 . . 2 . . 1 . 1 . . 1
## [24,] 5 . . 4 8 . . 2 1 1 2 1 . 1 1 1 4 . . . . 1 . . 1 . 2 . . 1
## [25,] 7 36 2 1 11 1 1 . 1 1 1 1 1 6 2 14 4 1 . 1 3 . . . . . . . 2 .
## [26,] 3 1 1 1 4 1 . 1 1 1 . . 1 . 2 1 1 1 . 1 . 1 . . . . 3 . . .
## [27,] 4 5 4 7 6 1 1 . . . 1 . . . 1 2 3 3 . 1 1 . . . . . . . . .
## [28,] 4 . 1 1 7 1 2 1 . . . 2 . . 3 . . 2 2 . 5 . . . . . 1 . 1 .
## [29,] 11 3 1 1 22 . . 1 2 1 2 15 2 5 . 1 2 1 . . . 7 . . 1 . 7 . 1 4
## [30,] 7 5 . 2 37 . 1 3 1 1 1 2 1 2 1 2 . . 5 . 4 6 . . 2 . 7 1 . 1
## [31,] . 1 . . 3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . .
## [32,] . . . . 4 . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . 4 . . 1
## [33,] 1 . . . 9 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [34,] . . . . 6 . . 1 . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . . . . .
## [35,] . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . 1 . . . . .
## [36,] . . . . 3 . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . .
## [37,] 1 1 . 1 14 . . . . . . . . . . . . . . . 1 1 . . . . . . . .
## [38,] . 1 . . 2 . . . . 1 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . .
## [39,] . 1 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . . . . . .
## [40,] 4 . . . 4 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [41,] 1 1 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . .
## [42,] 1 1 . . 3 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . 4 1 . .
## [43,] . . . . . . . 1 . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . .
## [44,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [45,] 1 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . 1 . . .
## [46,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 . . . . 2 . . 1
## [47,] . 1 . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [48,] . . . . . . . 1 . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . .
## [49,] . . . 1 1 . . . . . . . . . . . . . . . 1 1 . . . . . . . .
## [50,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [51,] 8 2 1 4 5 . . . . 1 . 4 . 3 . 3 2 . 1 1 . 12 . . 1 . 8 . . 4
## [52,] 8 4 . . 12 . . . . 1 1 5 . . . 2 2 . . . 2 4 . . . . 3 2 . 5
## [53,] 7 . . 1 4 . . . . 1 1 2 . . 1 . . . . . . 2 . . . . 5 . . .
## [54,] 3 1 . . 2 . . . . . . . . . . 1 . . . . 1 1 . . . . 2 . 1 .
## [55,] 10 2 . 1 16 2 1 2 . 3 1 . 1 . . 3 4 2 1 . 1 5 . . . . 3 . . 3
## [56,] 15 3 . . 10 . . 2 . 6 2 5 . . . 1 2 . 1 . 3 5 . . 4 . 7 1 . 3
## [57,] 18 6 . 3 6 1 . 5 1 1 1 2 . . . 1 . 1 . . 1 7 . . . . 6 1 1 6
## [58,] 19 4 . . 2 . . 1 . 2 1 3 1 . . . 2 2 . . 3 14 . . . . 5 2 1 3
## [59,] 4 2 . . 12 2 . 2 . 2 . 2 3 . . 1 1 . 1 . . 5 . . . . 9 . 2 6
## [60,] 17 5 . 2 16 1 1 . . 4 . 3 1 . . 1 . . 2 . 2 11 . . . . 4 . 2 2
## [61,] 5 1 . 1 8 . . 1 . 2 . . 2 3 4 3 . . . . . 75 16 . 6 3 102 25 2 11
## [62,] 3 . . 1 13 . . . . 2 . . 1 10 1 1 5 . . . 4 52 1 5 6 3 78 39 2 26
## [63,] 1 . . . 21 . . 1 1 2 . . 1 1 . . 1 1 2 . . 11 2 2 5 1 23 5 . 5
## [64,] 5 4 . 2 9 . . . . 2 . . . 2 7 2 . 1 . . 2 19 4 4 4 3 25 2 1 2
## [65,] . 2 . . 20 . . . 2 . . 1 3 3 7 2 6 . 1 . 6 54 8 2 6 . 69 16 1 31
## [66,] 3 5 . 2 10 2 . . 1 . . 2 1 4 . 3 2 1 . . 2 23 5 3 5 1 24 6 1 21
## [67,] 6 10 . 2 23 1 . 1 . 3 . . 1 4 2 3 7 . . . 5 45 8 6 6 3 43 11 6 21
## [68,] 2 6 . 1 5 . . . 1 1 1 . 1 1 1 1 2 1 . . 1 10 4 4 5 . 8 3 3 2
## [69,] . 4 . . 28 . . . . . . . 1 3 2 4 2 . . . . 23 7 2 3 1 10 4 5 3
## [70,] 3 2 . . 13 . . . . 2 . . 1 6 . 3 . . . . . 37 . 1 5 2 50 9 1 10
## [71,] 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . .
## [72,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [73,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [74,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [75,] . . . 1 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [76,] . 2 . . . . . . 1 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . .
## [77,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [78,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [79,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [80,] 3 3 . 1 10 . . . . . . 3 1 3 1 2 1 1 . . 4 5 . 1 1 . 5 . . 1
##
## [1,] . . . . . . . 1 . . . . . . . 2 . . 2 . . . . . . .
## [2,] . . . . . . . 1 . . . . . 1 . . . . . . . . 1 . . .
## [3,] . . . . . . 1 1 . . 1 . . . . 1 . . 1 2 . 2 . 1 . 1
## [4,] . . . . . . . 1 3 . . . . . . 2 . 3 . . 1 1 . 1 . .
## [5,] . . . 1 . . 1 2 . . 1 . 1 . . 3 . 2 . 3 1 . . . . .
## [6,] . 1 . . . . . . . . 1 . 1 . . 2 . 1 . 2 . 1 1 . . .
## [7,] . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . 2 . . . 1 . . .
## [8,] . . . . . . . 1 . . . . . . . 1 . . 1 . 1 . 1 . . .
## [9,] . . . . . . . . 1 . . . . . 1 . . . . . . . 1 . . .
## [10,] . . . . . . . 2 . . . . 1 . . 3 1 . . . 1 . 2 . . .
## [11,] 2 . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . .
## [12,] 10 . . . 2 . . 1 . 1 . . 1 . . . . . . . . 1 1 . . .
## [13,] 6 . . . . . . . 1 . . . 1 . . 1 . . . . 2 1 . . . .
## [14,] 1 . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . .
## [15,] 5 . . . 1 . . . 2 . 1 . . . . . . . 1 2 1 1 2 . . .
## [16,] 16 . . . . . 3 2 . . . . 1 . . 2 . . . . . . 5 . 1 .
## [17,] 5 . . . 1 . . . . . . . . . . 4 . . . . . . . . . .
## [18,] 11 . . . 1 . 1 . . 2 . . . . . . . . . . 1 . . . . .
## [19,] 5 1 . . . . . . . 1 . . . . . . . 1 . . 1 . . . . .
## [20,] 8 1 . . . . . . . 1 1 . . . . 1 . . 1 . . . . . . .
## [21,] 2 13 4 . . . 2 . . . . . 1 4 . . . 3 5 6 1 . 4 3 6 1
## [22,] 12 28 . . 2 . 3 . . . 1 . 3 1 7 . . 6 7 5 . 1 15 . 4 5
## [23,] 1 15 . 1 . . 1 1 . . . . . 1 1 . . 1 6 1 . 1 8 . . .
## [24,] 5 11 . . . . 6 . 1 . . . 3 . 1 . . 4 5 5 1 . 5 . 2 .
## [25,] 1 13 . . . . 5 2 2 2 . . 1 1 1 . . 8 4 3 2 . 4 3 . .
## [26,] . 7 1 . . . 1 . . . . . 1 . . . . 3 3 2 . . 2 . . 2
## [27,] 3 37 . . . . 3 . 1 . . . 1 5 2 . . 5 1 1 . . 8 1 1 4
## [28,] . 5 . . . . 1 1 1 . . . . 1 . . . . 2 1 1 . 2 1 . 1
## [29,] 5 20 2 1 . . 4 2 1 1 . . 2 . 2 3 . 7 10 6 2 2 11 1 3 2
## [30,] 3 18 3 . . . 2 1 . . . . 3 2 1 3 . 13 12 4 . . 18 1 3 7
## [31,] . 1 . . . . 1 3 . . . . 1 . . 1 . . 1 . 2 1 3 . . .
## [32,] 2 . . . . . 2 . . . . 1 . . . 4 . . . 1 . . . 1 . .
## [33,] . . . . . . . 1 1 . . . . . . 5 . . . 2 1 1 . . . .
## [34,] 1 . . . . . 1 . 1 . . . 4 . . 1 . . . . 1 . . . . .
## [35,] . . . . . . 2 3 1 . . . 1 . 1 1 . . . 1 . . . . . .
## [36,] . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . 1 . . . . .
## [37,] . 1 . . . . 1 . 1 . . . 4 . . 1 . . . 1 . . 1 . 1 .
## [38,] . 1 . . . . 2 1 1 . . . 1 . . . . . . 1 1 . . . . .
## [39,] 1 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . 1 1 . . .
## [40,] . . . 1 . . 1 3 1 . . . 1 . . . . . . . 2 1 1 . . .
## [41,] . . . . . . 2 1 . . . 1 . . . . . . . 3 . 1 . 1 . .
## [42,] . . . . 1 . . 1 . . 1 . . . . . . . . 1 1 1 1 . . .
## [43,] . . . 1 . . . . . . . . 1 . . . . . . . 1 . 3 1 . .
## [44,] . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . .
## [45,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 1 . 1 . . . .
## [46,] 3 . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . 1 1 . . . .
## [47,] . . . . . . . 2 . . . . 1 . . . . . . . 2 . . 1 . .
## [48,] . 1 . . . . . 1 . . 1 . 1 . . 1 . . . 1 2 . . . . .
## [49,] . . . . . . 1 1 . . . . . . . 3 . . . 2 1 1 2 . . .
## [50,] . . . . . . . 1 . . . . 2 . . . . . . 1 1 . 1 . . .
## [51,] 8 16 . . . . 4 3 1 . . . 9 2 2 3 . 15 7 8 2 . 21 2 2 5
## [52,] 4 32 . . . . 1 3 1 . . . 3 . 1 1 . 17 12 8 2 1 25 3 1 3
## [53,] . 7 . . . . 2 . . . . . 1 1 3 . . 8 7 6 1 . 6 16 1 4
## [54,] . 9 . . . . . 1 1 . . . . 1 . . . 11 6 2 . . 10 . 1 1
## [55,] 7 11 . . . . 1 2 . . . . 4 2 . . . 18 32 9 50 3 26 1 3 11
## [56,] 7 17 . . . . 5 2 . . 1 . 2 3 1 1 . 13 33 9 1 3 26 11 4 9
## [57,] 13 33 . 2 1 . . . . . . . 3 . 1 . . 36 12 10 1 1 16 3 5 2
## [58,] 6 10 . 1 2 . . 1 2 2 . . 2 1 . . . 17 19 8 1 27 15 5 5 5
## [59,] 6 15 1 . . . 1 2 3 . . . . 1 3 1 . 12 18 5 3 1 11 4 3 7
## [60,] 4 25 . . . . 1 . . . . . 6 3 2 1 . 27 29 10 1 1 22 6 6 10
## [61,] 50 61 1 . 7 2 9 1 4 2 . 2 5 6 4 3 . 12 6 1 5 . 10 8 1 .
## [62,] 53 31 8 1 9 5 4 . 3 . . . 1 1 . 1 4 7 7 2 . . 5 1 1 12
## [63,] 10 25 . 1 1 . 5 1 . 3 . . 5 . 2 . 1 7 1 1 . . 5 1 . 2
## [64,] 9 14 3 33 . . 7 2 1 2 1 . 1 2 . 2 . 4 3 6 . . 16 . 3 1
## [65,] 68 58 1 . 6 3 2 1 . 3 1 . 22 5 1 64 1 8 11 6 2 . 2 . . 3
## [66,] 36 112 2 . 1 3 5 . 1 1 . . 10 4 39 2 . 10 7 4 5 . 3 . 1 4
## [67,] 49 37 3 . 4 . 12 1 38 2 21 . 9 8 1 3 . 4 9 4 4 2 16 1 . 4
## [68,] 3 18 6 . 1 . 7 1 . . . 1 1 2 3 1 1 2 4 2 . 2 3 1 . .
## [69,] 9 29 1 1 . . 10 3 . 1 1 32 3 4 5 1 . 6 1 2 1 1 4 1 . .
## [70,] 26 125 . 3 5 1 18 43 1 8 . . 3 5 1 1 . 6 4 7 3 2 5 2 1 1
## [71,] . 5 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . 3 . . .
## [72,] . 1 . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . 4 . . .
## [73,] . . 1 . . . . . 1 . . . . . . . . . . 1 . . 2 . . .
## [74,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . 6 . . .
## [75,] . 5 . . . . 1 . . . . . . . . . . . 1 1 . . 3 . . .
## [76,] . 1 . . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . 17 . . .
## [77,] . 3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 . . .
## [78,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 . . .
## [79,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 . . .
## [80,] 4 16 5 . . . 4 3 2 . . . 4 . 1 . . 7 5 1 1 1 3 . 2 1
##
## [1,] . . 2 . . 3 1 . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . .
## [2,] . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . .
## [3,] . . 1 1 . 3 . . . . . 4 . . 1 . . . 1 . 1 . . . . . . . .
## [4,] . . 2 . . 3 . . 1 . . 2 1 . . 1 . . . 1 . 1 . . . . . . .
## [5,] 1 . 1 . . 1 . . . . . 1 . . . 1 . . . 1 . 1 1 . . . . . .
## [6,] . . . . . 3 . . . . . 2 . . . . . . . . . 1 . . . . . . .
## [7,] . . . . . 3 . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
## [8,] 1 . 1 . . 1 . . . . . 1 . . . . . . . . . 1 1 . . . . . .
## [9,] . . 1 . . . . . . . . 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
## [10,] . . . . . 3 . . . . . 3 . . . . . . . . . 1 . . . . . . .
## [11,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [12,] 1 . 1 . 1 1 . . 2 . . 2 . . . . . . . 1 1 1 . . . . . . .
## [13,] . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . .
## [14,] . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . 1 . . . . . . . . .
## [15,] . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . .
## [16,] . . . 1 . . . . . . . 1 . . . 1 . . . . . . . . . . . . .
## [17,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . .
## [18,] . . . . . . . . . . . 1 . . 1 . . . . . . . 1 . . . . . .
## [19,] . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . .
## [20,] . . . . . 3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [21,] 1 . 2 6 . 6 . . . 1 . 6 1 . . . 2 1 . . . 4 . . . 1 . . .
## [22,] 1 . 10 3 1 4 2 . . 1 1 15 1 2 . 1 1 . . 1 . 5 . . . . . . .
## [23,] . . 4 4 . . . . . . . 2 . 4 . . 1 . . 1 . 3 . . . . . . .
## [24,] . . 2 6 . . . . . . . 4 . . . . 1 . . . . 5 . . . . . . .
## [25,] . . 2 1 1 1 . 1 2 . . 7 . . . . 1 . . . 1 12 1 . . . . . .
## [26,] . . 2 2 . 1 . . . . . 3 . . . . 1 . . . . 1 . . . . . . .
## [27,] . . 1 4 . . . . . . 1 6 . 3 . . 1 . . 1 . 15 1 . . . . . .
## [28,] . . 6 4 . 1 . 2 . 1 . . . . . . . 1 . . . 2 . . . . . . .
## [29,] . 1 5 9 . 3 1 . . 1 3 4 . 1 2 . . . . . . 3 . . . . . . .
## [30,] 1 . 6 8 . 6 . 2 . . . 20 . 3 1 1 2 . . 1 . 1 . . . 2 1 . .
## [31,] 6 . 6 8 . 8 . . . . . . . . . 2 . . . . . . 2 . . . . . .
## [32,] 2 . . . . 2 . . . . . 1 . 1 . . 2 . . . . 1 1 . . . . . .
## [33,] 2 . . 3 . 3 . . . . . 1 . . . . 1 . 1 . . . . . . . . . .
## [34,] 1 . . 1 . 5 . . . . . . 1 . . 1 . . . . . . . . . . . . .
## [35,] . . . 2 . 2 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . .
## [36,] 1 . . 5 . 1 . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . 1 . . .
## [37,] 2 . 1 6 1 5 . . . . . 1 . . . 3 . . 1 . . 2 1 . . . . . .
## [38,] 1 . 1 6 . 1 . . . . . . . . . 1 . . . . . . 1 . . . . . .
## [39,] 2 . . 1 1 3 . . . . . . . . . 1 . . . . . 1 1 . . . . . .
## [40,] 6 . . 6 . 2 . . . . . . . . . 2 . . 3 . . . . . . . . . .
## [41,] 2 . 1 3 . 7 . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [42,] . . . . . 4 . . . . . 2 . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
## [43,] . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [44,] . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . 1 . 1 . . . . . . .
## [45,] . . 1 . . 5 1 . . . . 5 . . . . . . . . . 1 . . . . . . .
## [46,] . . 1 . . 1 . . . . . 1 . . . . 1 . . . . . . . . . . . .
## [47,] 1 . . . . 1 . . . . . . . . . 1 1 . . . . 1 . . . . . . .
## [48,] . . 1 . . 4 . . . . . . . . . 1 . . . . . 2 . . . . . . .
## [49,] . . . . . 1 . . . . . 2 . . . . . . 1 . . . . . . . . . .
## [50,] . . . . . 2 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [51,] . 1 17 12 . 5 . 3 . 2 1 9 2 6 . 1 2 1 . . . 5 2 . . . . . .
## [52,] 5 1 13 12 2 10 2 3 5 4 2 20 3 4 5 6 2 . 26 . . 3 . . . . . . .
## [53,] 1 3 1 2 1 1 2 . 1 2 . 9 . 1 . . . 1 . 1 . . . . . . . . .
## [54,] 2 . 2 4 . 4 1 1 . 1 1 3 . . . 1 2 . . 1 . . . . . . . . .
## [55,] 14 . 9 35 3 17 1 2 2 1 . 6 6 4 4 1 2 1 2 2 . 1 . . . . . . .
## [56,] 4 1 12 16 4 8 . 1 4 3 3 9 . 3 . 2 1 6 2 25 . 1 . . . . . . .
## [57,] 18 1 14 24 1 33 3 6 3 . 1 91 . . 5 7 . 4 1 . . . . . . . . . .
## [58,] 9 . 8 9 2 8 1 1 1 1 2 11 3 4 2 2 6 1 . 1 . 1 . . . . . . .
## [59,] 5 1 7 9 1 14 1 5 . . 3 18 . 2 1 6 3 . . . . 1 . . . . . . .
## [60,] 11 1 13 30 1 19 2 6 2 . 5 18 3 8 4 3 6 2 1 . . 2 1 . . . . . .
## [61,] . . 5 8 . 4 . 6 . . . 18 . . . 2 1 . . . . 6 1 . . . . . .
## [62,] . . 4 8 . 7 . . . . 1 2 . . . . . 1 . . . 7 . . . . . . .
## [63,] . . 5 3 . 4 . 3 1 . . 9 1 . . 1 . 1 . . . 2 . 1 . . . . .
## [64,] . . 3 3 . 3 . 1 . 1 . 11 1 . . . 1 . 1 . . 6 . . . . . . .
## [65,] . . 11 13 . 2 . 1 . . 1 12 . 1 . 2 2 . 1 . . 24 1 . . . . . .
## [66,] . . 9 8 1 2 2 3 . . 1 11 1 1 . . 1 . 1 . . 16 2 . . 2 . . .
## [67,] 1 . 9 7 . . 1 3 . . . 7 . . . . . 1 1 . . 28 1 . . . . . .
## [68,] . . 4 5 . 1 . . . . . 5 1 . . . 1 1 . . . 3 . . . . . . .
## [69,] 1 . 5 8 . 6 1 1 1 . 1 4 1 . . . . . 1 1 . 6 1 . . . . . .
## [70,] . . 2 3 2 4 . 4 1 . 4 25 1 1 . . 1 2 . . . 3 1 . 1 . . . .
## [71,] . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . 43 18 4 14 11 1 8 6 14
## [72,] . . . . . . . . . . . 2 . . . . . . . . 41 8 4 11 3 5 3 5 5
## [73,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36 12 2 14 13 3 2 9 8
## [74,] . . . 1 . . . . . . . 3 . . . . . . . . 55 18 2 18 8 3 2 10 11
## [75,] . . . . . 1 . . . . . . . 1 . . . . . . 58 18 2 23 8 2 3 7 15
## [76,] . . . . . 1 . . . . . 2 . . . . . . . . 54 28 15 62 29 7 9 23 6
## [77,] . . . . . . . . . . . 3 . . . . . . . . 66 11 2 9 3 3 3 12 4
## [78,] . . . 1 . . . . . . . . . 1 . 1 . . . . 34 13 1 14 6 1 3 6 3
## [79,] . . . . . . . . . . . 4 . 1 . . . . . . 30 16 3 6 5 1 4 11 5
## [80,] . . 1 4 . 1 . 1 . . 1 7 . 1 . . . 1 1 . 6 9 2 . 2 2 2 1 2
##
## [1,] . . . . 1 . . . 1 . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . .
## [2,] . 1 . 1 . . . 1 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
## [3,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [4,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . 1 . . . .
## [5,] . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [6,] . . . . 1 . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [7,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . 1 . . . . .
## [8,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [9,] . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [10,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . .
## [11,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [12,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29 . . . . . . .
## [13,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . .
## [14,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [15,] . . . . 1 . 1 . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [16,] . . . . 1 . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [17,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [18,] 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [19,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [20,] . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [21,] . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . 1 . . . . 1 .
## [22,] . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [23,] . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [24,] . . . . . 3 . . 3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [25,] . . . . . . . . 5 . . . . . . . . . . . 1 1 . . . . . .
## [26,] . 1 . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [27,] . . . . . . . . 2 . . . . . . . 1 . . . . . . . 1 . . .
## [28,] . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [29,] . 1 . 1 . . . . 3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [30,] . . . . . . . . 2 . . . . 1 . . 1 . . . 1 . . . . . . .
## [31,] . . . 1 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . 27 2 35 5 7 5 14
## [32,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 5 . 3 . 3 1
## [33,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 3 15 9 1 1 4
## [34,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10 4 3 2 1 . 9
## [35,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 10 29 6 . 3 7
## [36,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 8 11 3 1 1 10
## [37,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 10 12 22 6 5 1 10
## [38,] . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 10 15 8 4 2 2
## [39,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 3 18 2 1 1 4
## [40,] . . . . . . 1 . 2 . . . . . . . . . . . 1 11 13 18 5 1 1 7
## [41,] . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . 1 3 1 10 4 . 3 6
## [42,] . . . 1 . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . 8 . 1 . . 13
## [43,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . .
## [44,] . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 3 . . . .
## [45,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [46,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . .
## [47,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 . 4 9 . . 6
## [48,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 1 . . . .
## [49,] . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . 1 2 3 3 3 . . 5
## [50,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . 3
## [51,] . . . 1 1 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [52,] . . . 1 . . 1 . 2 . . . . . . . . . . . 1 1 . . . . . .
## [53,] . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [54,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . .
## [55,] . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [56,] . . . . . . . . 2 . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . .
## [57,] . 1 . . 1 . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . .
## [58,] . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [59,] . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . 1
## [60,] . 2 . 2 . . . . 2 . . . . . . . . . . . 2 . . 1 . . . .
## [61,] . 1 . . . . 1 . 1 . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . .
## [62,] . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [63,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . 1
## [64,] . . . 2 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [65,] . 1 . . 2 . . . 3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [66,] . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [67,] . . . 1 1 . . . 3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [68,] . . . . . . . . 1 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . .
## [69,] . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [70,] . . . 1 . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . 1 1 . . .
## [71,] 5 8 1 2 3 6 3 4 2 3 4 4 3 5 4 . 5 2 1 . . . . . . . . .
## [72,] 3 2 3 5 . 4 3 3 . . 1 1 1 1 . . 4 . . . 41 . . . . . . .
## [73,] 5 . 3 4 1 4 2 5 1 2 2 . 4 4 3 3 1 4 1 6 . . . . . . . .
## [74,] 5 12 2 4 2 3 3 2 2 7 . 4 1 2 4 1 4 . . 1 . . . . . . . .
## [75,] 2 8 3 1 1 4 2 14 1 4 2 2 3 4 8 1 . . . . 2 . . . . . . 1
## [76,] 42 7 11 6 14 3 9 32 10 . 3 6 8 1 1 2 . 20 25 26 1 . . . . . . .
## [77,] 2 3 6 . 2 4 . 2 37 1 1 2 . 4 2 1 1 2 . 1 . . . . . . . .
## [78,] 1 2 5 4 . 20 . . . 3 2 2 13 1 . 2 . 2 3 . 1 . . . . . . .
## [79,] 2 6 3 . 4 5 1 8 2 5 4 . 2 . . 3 . 1 1 . 1 . . . . . . .
## [80,] 1 . . 1 1 . . . 3 2 . . . . 1 . . . 1 1 1 . . . . . . .
##
## [1,] . 1 . . . . . . . . . . 1 . . 1 . 1 . .
## [2,] . . 1 . . . . 1 . . 1 1 . . . . . . 1 .
## [3,] . 1 . . . . . . . . . 1 . . . . . . . .
## [4,] . 1 . . . . . . . . . . . . . 3 . . . .
## [5,] . 2 1 . . . . . . . . 2 1 . . . . . . .
## [6,] . . 1 . . . . . . . 1 1 . . . 1 . . . .
## [7,] . . . . . . . . . . . . . . . 1 . 1 . .
## [8,] . 1 . . . . . . . . . . 1 . . . . . . .
## [9,] . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . .
## [10,] . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . .
## [11,] . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . .
## [12,] . 1 . . . . . . . . . . . . . 2 . . . .
## [13,] . . . . . . . . . 1 1 . . . . . . . . .
## [14,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [15,] . 1 . . . . . . . . 1 . . . . 1 . . . .
## [16,] . . . . . . . 1 . . . . 2 . . . . . . .
## [17,] . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . .
## [18,] . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . .
## [19,] . . . . . . . 1 . . 1 . 1 . . . . . . .
## [20,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [21,] . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [22,] . . . . . . . . . . 2 . . . . . . . . .
## [23,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [24,] . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . .
## [25,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 .
## [26,] . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . .
## [27,] . . . . 1 . . 1 . . . . . . . 1 . . . .
## [28,] . . . . . . . 1 . . 1 . 1 . . . . . . .
## [29,] . . . . 1 . 1 1 . . . . . . . . . . . .
## [30,] . . . . . . . . . . . 1 . . . . 2 . . .
## [31,] . 1 . . 4 2 1 1 1 3 2 3 3 . 4 7 1 . 3 .
## [32,] 3 1 4 1 . 1 . 1 . . 2 1 . 1 1 3 . . 5 .
## [33,] 5 2 2 1 . 1 1 1 . 4 1 1 2 3 . 2 58 1 1 .
## [34,] 7 2 1 1 3 1 1 1 . . 1 3 1 2 1 . . 2 3 .
## [35,] 1 4 1 . . . . 1 2 1 1 . 1 . . 1 . 1 . 10
## [36,] . 1 2 . 1 . 1 . 1 2 1 2 3 . . 3 1 3 . .
## [37,] 3 . 3 1 7 1 2 1 1 3 3 2 1 . 4 3 . 2 1 .
## [38,] 1 2 2 . 4 . 2 . 1 . . . 2 . 2 5 2 1 2 1
## [39,] . 1 2 1 . 1 1 1 . 1 3 1 1 1 1 . 1 2 . .
## [40,] 2 3 6 51 3 1 . 25 3 . 1 1 2 2 2 1 . 1 2 1
## [41,] 6 1 2 . 1 1 1 1 . . . 2 . . . . . . 3 .
## [42,] . . 1 . . . . . . . 1 1 2 1 1 2 1 1 . .
## [43,] . . . . . . 1 . . . 2 . . . . 1 . . . .
## [44,] . . . . . . . . . . . . . . . 1 . 1 . .
## [45,] . . 1 1 . . . . . . . . . . . . . . . .
## [46,] . . . . . . . . . . 1 . . . . 2 . . . .
## [47,] 10 1 3 . . . . . . . . 1 . . . 2 1 1 3 .
## [48,] . 1 2 . . . . . 1 . . . 1 . . . . 2 1 .
## [49,] 9 . . . . . 1 . . . . 1 . 1 . 1 . . 3 .
## [50,] . . 1 . . . . . . . . . . . 1 1 . 1 . .
## [51,] . . . . 1 . . 2 . . . . . . . . . . . .
## [52,] . . . . . . . . . 1 . . . . . . 1 1 . .
## [53,] . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . .
## [54,] . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . .
## [55,] . . . . . 1 . . . . . . 1 . . 2 2 . . .
## [56,] . . . . . . . 3 . . . . . . . . . . . .
## [57,] . . . . . . . 2 . . . . . . . . 1 . . .
## [58,] . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . .
## [59,] . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . .
## [60,] . . . . 1 . . . . . . . . . . . . 3 . .
## [61,] . 1 1 . . . . 1 . . . . . . 1 . 2 . 1 .
## [62,] . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . 1 .
## [63,] . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . .
## [64,] . 1 . . 1 . . 1 . . . . . . . . . . . .
## [65,] . . . . 3 . . 1 . . 1 . 1 . . 2 4 . . .
## [66,] . . . . 2 . . 2 . . 1 . 1 . . 1 2 . . .
## [67,] . 2 . . . . . 4 . . . . . . 1 1 1 1 . .
## [68,] . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . 1 .
## [69,] . . . . 1 . . . . . . . 1 . . . 3 . . .
## [70,] . . . . . . . . . . 1 . . . . . 1 . . .
## [71,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [72,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [73,] . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . .
## [74,] . . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . .
## [75,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [76,] . . . 1 . . . 1 . . . . . . . 1 . 1 . .
## [77,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [78,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [79,] . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
## [80,] . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . .Slicing
Just as with a SOMADataFrame, we can also retrieve
subsets of the data from a SOMASparseNDArray that can fit
in memory.
Unlike SOMADataFrames, SOMASparseNDArrays
are always indexed using a zero-based offset integer on each dimension,
named soma_dim_N. Therefore, if the array is
N-dimensional, the read() method can accept a
list of length N that specifies how to slice the array.
SOMASparseNDArray dimensions are always named
soma_dim_N where N is the dimension number. As
before you could use schema() or dimnames() to
retrieve the dimension names.
counts$schema()## Schema
## soma_dim_0: int64 not null
## soma_dim_1: int64 not null
## soma_data: double not nullFor example, here’s how to fetch the first 5 rows of the matrix:
counts$read(coords = list(soma_dim_0 = 0:4))$tables()$concat()## Table
## 258 rows x 3 columns
## $soma_dim_0 <int64 not null>
## $soma_dim_1 <int64 not null>
## $soma_data <double not null>